放牧3日目〜動画の中から改訂の必要があるものをpick upする作業「PDBjを使ってタンパク質の立体構造を調べる(2009.2.28)」

DBCLS 統合牧場 統合TV

110421 10:00〜11:21

今日行ったことを、以下に記します。

　1.作り直し系コンテンツの検索
　↓DBCLS wikiトップ
　↓統合tvと検索
　↓番組を検索
　↓作り直し系を検索
　OK

　しかし、
　　5項目しか上がっていないこと
　　過去動画の直しが急務であること
　から指令の指示により、
　　過去動画から直すものをpick upする作業へ



　2.過去動画から直すものをpick upする作業
　↓統合TV curated
　↓自分の興味から「タンパク質配列解析」を選択
　↓24件の動画が存在(2009年度作成が最も古い)
　↓2009年度に作成されたものから順次、動画をチェック
　↓動画のチェックの基準としては
　　　1)統合TVの通りに操作を行って、実際に目的の操作を行うことができるか
　　　2)統合TVの映像と実際に操作をしている画面が全く同じであるか
　　の2点を採用

　＊後記(110421 11:30)
　　ただし、2)の基準を採用してしまうと、プログラム上でアップデート
　　がある度に直す必要が出てくる。そのため、どのような基準で
　　「直す動画」を選んでいるのかを
　　指令およびonoさんに聞く必要がある

　OK
　go to 3.


3.「PDBjを使ってタンパク質の立体構造を調べる(2009.2.28)」が使えるかをチェック(Inernet Explorerから検索)
　↓動画をクリックすると「get the Flash Player」の文字が
　↓ダウンロードしてよいか判断できなかったため終了
＊Internet Explorer(64bit)ではFlash Player 10.1が利用できないとのこと
　OK
　go to 4.


　4.「PDBjを使ってタンパク質の立体構造を調べる(2009.2.28)」が使えるかをチェック(Firefoxから検索)
　↓統合TV
↓番組カテゴリーから「タンパク質」を選択
　↓3.「PDBjを使ってタンパク質の立体構造を調べる(2009.2.28)」を選択
　↓動画の再生および作業が行えるかのチェック。
　　以下、2009ver(動画が説明してるプログラム)と
　　2011ver(現在のプログラム)の間に存在した差異を記す
　　(（）内の時間はその差異が生じた動画上の時間を示す)
　　
　　・プログラム内の最新情報が2009/2/13となっている(48sec)
　
　　・PDB検索を行う際のサービス名がxPSSSからPDBj MINEになっている(53sec)
　
　　・PDB IDもしくはKeywordsを選ぶボタンが無くなっている。
　　　　2011年verのコマンドとしては
　　　　　PDB ID or Keyword / sequence / author
　　　　の3つが存在した(53sec)
　
　　・myodと検索すると2009年verでは1件がhitしたが2011verでは27件がhit。
　　　なお、myodのPDB IDの「1MDY」は1番上に存在(1min37sec)
　
　　・PDB ID「1MDY」をクリックすると言語が日本語になっている(2min23sec)
　
　　・画面一番下ではなく左横に「三次構造ビューア(Structure Image)」が存在する(2min33sec)
　
　　・「三次構造ビューア」を開けるプログラムがjV3とJmolの2つに増えている(3min3sec)
　　　＊このパソコン(2号機)ではjV3の方は開けなかった
　　　　(「アプリケーションのデジタル署名を検索できません」という表示が出た)　　
　OK
　go to 5.

　5.この動画の改善する必要があると感じた点について
　　以下、改善する必要があると感じた点について、ふつつかながら述べさせていただきます。
　
　・三次構造ビューアを開くプログラムのうち、jV3とJmolの両方の説明をいれる。
　　
　・三次構造を見ている時の各コマンドの説明
　　displayでstickを選択するとどうなるかなど


　6.次の作業
　　引き続き、直す動画のpick up作業を行う。
　　(その際に、統合TVに含まれる動画から選ぶか、
　　 それとも統合TV curatedに含まれる動画から選ぶかを
　　 指令に聞く必要がある。)