111212 9:00〜11:00 111221 9:00〜11:00 111226 15:00〜17:00 おはようございます。 今日から、新たなコンテンツの作成に入ります。今回、紹介するのはHuman Protein Reference Databaseです。 原著論文はhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18988627?dopt=…

111209 16:00〜19:00こんばんは。 今日は、前回MOVファイルに出力した動画を統合TV上、およびYouTube上に、出力する作業を行いました。各リンクはこちらです。 統合TV版：http://togotv.dbcls.jp/20111216.html YouTube版：http://www.youtube.com/watch?v=_…

111206 9:00〜12:30おはようございます。 本日は、前回編集した動画を副指令に確認していただき、 movファイルの出力まで行いました。動画の編集時に、指摘いただいたのは次の2点です。1.冒頭における説明 動画作成時の冒頭における説明で、今回紹介するコン…

111110~111201久しぶりの更新です。111110より本日まで、 前回の日記で記したNetStartの編集作業を行いました。現段階で終了し、 次は副司令に確認をしていただくと作業に入ります。なお、次に取り組むタスクとして、 ♯73 PubChem ♯34 Human Protein Referen…

111104 10:30〜11:30本日は「放牧25日目-1「NetStart」説明を行う流れについて (http://d.hatena.ne.jp/Go_with_twill/20111017/1318812957)」で 書いた流れに沿って、NetStartの説明のための動画をcamtasiaで撮影しました。次回以降、編集する作業に入りま…

111017 9:45〜10:00 111027 9:00〜10:00 111031 9:00〜10:00今回は、「NetStart」を動画にて説明する際の流れを書いていきます。〈おおまかな流れ〉 ↓1.NetStartおよびこれを作成した機関DTUについての説明。 ↓2.NetStartへの行き方の説明。 ↓3.NetStart以外…

111013 16:00〜17:15 111017 9:00〜9:45 久しぶりの日記の更新です。本日はNetStart(転写産物の開始コドン予測サイト) を説明する際に、具体例とする配列を決定しました。今回はCDK8のmRNA配列を利用して説明を行います。CDK8についての説明はUniProtを参照…

111003 17:00〜19:00 111006 10:00〜11:45今回から、NetStartの内容について発表した論文について説明します。まず、タイトルは次のようです。Neural network prediction of translation initiation sites in eukaryotes: perspectives for EST and genome a…

110915 9:00〜12:00今回、動画作成を行うNetStartは デンマーク工科大学(Technical Unversity of Denmark：DTU)の 生物学配列解析センター(Center for Biological Sequence Analysis：CBS) という機関が作成しています。ホームページの情報(About CBS項を参…

110914 16:42〜17:今回の「NetStart」について発表されている論文はNeural network prediction of translation initiation sites in eukaryotes: perspectives for EST and genome analysis.A. G. Pedersen et al., Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Bio…

110914 16:23〜16:42「NetStart」ではジョブを実行すると以下のような形で結果が帰ってきます。 この時予測された開始コドン(ATG)のAの位置にはi(initiationのi)と表記され、そのほかのATGにはN(non^-startのN)と表記されます。 また、ドット(・)はその他の…

110914 15:52〜16:23②「NetStart」の使い方 次に、NetStartの使用法についてみていきます。NetStartのtop pageを開くと「instruction」の項が存在し、以下のような説明があります。1. Specify the input sequences The sequences intended for processing ca…

110914 14:45〜15:52①「NetStart」とは何かまず、NetStartのURLは以下のようになっております。 http://www.cbs.dtu.dk/services/NetStart/そしてページを開くと以下のようなコメントがあります。The NetStart server produces neural network predictions o…

110914 12:45〜14:40久しぶりの更新です。 本日は、以前から作成していた 「RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる」 をyoutubeにupする操作を行いました。手順としては ↓youtubeを開く ↓いつものidといつものpass wordでログイン ↓アップロード ↓動…

110809 14:30〜18:00昨日に引き続き、更新です。本日は作成した動画を司令に見ていただき、以下の点について指摘を受けました。この点について修正後、MOVファイルの出力まで完成しました。 次回は、動画公開できそうです。 ①タイトルについて・文字は基本的…

110808 14:30〜18:30お久しぶりです、暑い夏、 皆さんどのようにお過ごしでしょうか。前回からだいぶ時間が空いてしまいましたが、本日も 「RCSB PDBを利用してタンパク質の立体構造を調べる」 の動画の編集作業を行いました。本日の作業をもって本動画の編…

110726 9:30〜11:30一昨日に引き続いて、頻繁に更新です。 こうやってログをとると、自分の行動にむらがあることがよくわかります。 できるだけ、同じペースで行うのが好ましいとは思うのですが…。本日も、前回に引き続き 「RCSB PDBを使ってタンパク質の立…

110725 13:30〜15:30 しばらくぶりでございます。 久しぶりの作業ブログです。 本日も、前回の続きとして 「RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる」 の動画の編集作業を行った。 動画全体が約3min30secあるのに対して、 現段階で40secまでの編集作…

110711 9:00〜12:00 前回の続きとして 「RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる」 動画の作成を行い。そして、編集操作へと移りました。 動画自体(編集前)の総時間が約3min30secですが、 これが長いのか短いのかわからず、多少不安です。 また、編集…

110704 11:00〜12:00 今までやってきた作業に従い、動画作成を開始しました。 ファイルは3号機-コンピューター内に 「110703_RCSB_PDB(090422ver_again)_(Go_with_twill)」 として保存しました。 いじょ〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜〜(・∀・)

110701 12:30〜12:40 110704 9:00〜11:00〈背景〉①「RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる(2009.4.22)」を直す作業 -紹介内容の整理- 現在、 TOGO TV curated中のコンテンツから、紹介されているコンテンツの内容が古くなり、閲覧しながら実際に操…

110701 11:45〜12:30(3)Primary Citationについて ・Pubmed Pubmedにおいてタンパク質構造が発表された論文を検索してくれる ・DOI タンパク質構造が発表された論文論文が発表された雑誌のHPより、 この論文を検索してくれる ・Search Related Articles in P…

110701 11:10〜11:45⑦詳細ページに移動した後の説明 (1)右上のアイコンの説明 動画作成当時には⑥(前回のブログ参照)で説明した ・Download PDB File ・View PDB File ・View 3D with Jmol の3つのアイコンが、左上に表示されていたが、 現行では右上に ・Dis…

110629 15:40〜16:00 110630 9:00〜10:00 110701 10:00〜11:10⑥たんぱく質検索結果後のアイコンの説明現行ではタンパク質構造の検索を行うと ・Download PDB File ・View PDB File ・View 3D with Jmol の3つのアイコンが存在する。 現行の説明では、 ・View…

110628 9:00〜10:15 110629 9:00〜10:00 14:00〜15:40 100620 放牧11日目-2 を参照のこと。今回は、その続きを行う。④PDB IDの説明 現行では 「PDB IDとはそれぞれの構造に割り当てられた英数字四文字からなる ユニークな番号で、同じタンパク質でも、実験条…

110620 10:30〜12:00 ①「RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる(2009.4.22)」を直す作業 -紹介内容の整理- 現在、 TOGO TV curated中のコンテンツから、紹介されているコンテンツの内容が古くなり、閲覧しながら実際に操作を行うことが難しくなって…

110613 9:45〜11:30 動画の作成にやっと入ることができました〜〜イェイ (←前の日記でも書いた) ……ってことで、ブログの書き方のスタイルを若干変更します。 また、いつか前のプロトコール形式の無味乾燥なものに戻るかもしれません。 これからのスタイルが…

110601 12:10〜12:30 今回行ったことを以下に記します。 〈背景〉 前回までに、TOGO TV curated中の「タンパク質配列解析」の中の動画のうち、 直す動画候補のpick upを行ってきました。 基準としては、curaetd中の動画通りにプログラムを動かしてみて、 支…

110518 16:21〜17:00 今回行ったことを以下に記します。 1.引き続き作り直し系コンテンツの検索 ↓統合TV curated ↓タンパク質配列解析 ↓「NCBIの構造ツールを使いこなす(2009.6.25)」を選択 OK 2.同じ内容の番組の更新が無いかを確認する ↓統合TV curated ↓…

110518 15:30〜16:21 今回行ったことを以下に記します。 1.引き続き作り直し系コンテンツの検索 ↓統合TV curated ↓タンパク質配列解析 ↓「PyMOLを使ってタンパク質の構造を見る(2009.6.17)」を選択 OK 2.同じ内容の番組の更新が無いかを確認する ↓統合TV cur…