放牧21日目-3「NetStart」についての調査-2(NetStartの利用法)

110914 15:52〜16:23

②「NetStart」の使い方

　次に、NetStartの使用法についてみていきます。NetStartのtop pageを開くと「instruction」の項が存在し、以下のような説明があります。

1. Specify the input sequences
The sequences intended for processing can be input in the following two ways:

Paste a single sequence (just the nucleotides) or a number of sequences in FASTA format into the upper window of the main server page.

Select a FASTA file on your local disk, either by typing the file name into the lower window or by browsing the disk.
Both ways can be employed at the same time: all the specified sequence will be processed.

The allowed input alphabet is A, C, G, T, U and X (unknown); all the other symbols will be converted to X before processing. T and U are treated as equivalent.

→
解析を行う配列については
・FASTA形式をそのままcopy and paste
・FASTA形式のファイルを添付
のいずれかの方法で上げること。
その際に、利用してよい文字は、塩基に含まれるA、T、C、G、Uおよび
unknown場合にXの6種類であることが言われています。

なお、FASTA形式とは

>seq1 name
ATCG…X…

といった形のものを指します。

2. Select organism type
Depending on the origin of your input sequences click on either "Vertebrate" or "A. Thaliana". The former is the default.

→
解析を行う生物種としては脊椎動物かシロイヌナズナの2択です。
デフォルトは脊椎動物になっています。

↓
ただ、現段階でなぜこの2種についてはcDNAとESTについて解析が行えるのか、私自身がわかっておりません。
そのため、今後調査を継続する中でこの疑問の答えを探そうと思います。

3. Submit the job
Click on the "Submit" button. The status of your job (either 'queued' or 'running') will be displayed and constantly updated until it terminates and the server output appears in your browser window.
NOTE: At any time during the wait you may enter your e-mail address and simply leave the window. Your job will continue; you will be notified by e-mail when it has terminated. The e-mail message will contain the URL under which the results are stored; they will remain on the server for 24 hours for you to collect them.

→
ジョブを実行するためには「Submit」ボタンを押す(準備中もしくは実行中と表示される)。
待ち時間の間にメールアドレスを記入するとジョブが終了した時に、
記入したアドレスに結果を送信してくれる。