放牧21日目-2「NetStart」についての調査-1(NetStartとは何か)

110914 14:45〜15:52

①「NetStart」とは何か

まず、NetStartのURLは以下のようになっております。
http://www.cbs.dtu.dk/services/NetStart/

そしてページを開くと以下のようなコメントがあります。

The NetStart server produces neural network predictions of translation start in vertebrate and Arabidopsis thaliana nucleotide sequences.

NetStart has been trained on cDNA-like sequences and will therefore presumably have better performance for cDNAs and ESTs. We have not tested the performance on genome data which may contain introns adjacent to the start codon.

要するに
　
　(1)分散情報処理システムによる検索で核酸配列の翻訳起点を予測する
　 　(脊椎動物とシロイヌナズナ)
　　
　　　→
　　　個人的にnucleotide sequenceをtranslateするという言い方に、
　 　 違和感を覚えてしまったのですが。

　(2)核酸配列の中でもcDNA-likeの配列に照準をあわせている。
　　 そのため、cDNAやESTsに対してよい効果が得られると考えられる。

　　　→
　　　なお、ESTとはexpressed sequence tag の略。
　　　遺伝子転写産物 (RNA) の一部（普通5'末端か3'末端）に当たる、
　　　短い配列で、転写産物の“目印”として使われています。
　　　cDNAライブラリーからランダムに多数のクローンを選び、
　　　簡単なシークエンシングによって長さ 500〜800 bpの配列を決定したもの。
　　　(Wikipediaより)
　　　
　　　とのことで、ESTクラスタリングによりデータをまとめ対応する
　　　ESTをデータベースから検索することでRNA全体の配列を決定する
　　　ことが可能となります。
　　　

　の2点を行うことができるようです。　

〈引用〉
・Wikipedia(http://ja.wikipedia.org/wiki/%E7%9B%B8%E8%A3%9C%E7%9A%84DNA#EST)