放牧25日目-1「NetStart」説明を行う流れについて

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今回は、「NetStart」を動画にて説明する際の流れを書いていきます。

〈おおまかな流れ〉
↓1.NetStartおよびこれを作成した機関DTUについての説明。
↓2.NetStartへの行き方の説明。
↓3.NetStart以外にもたくさんプログラムがあることの説明。
↓4.NetStartの説明(CDK8を具体例に)
OK

〈詳細な流れ〉
1.NetStartおよびこれを作成した機関DTUについての説明。

↓NetStartはDNA配列の中から遺伝子をコードしている領域の開始コドン
　(AUG or ATG)を予測するプログラムです。
↓遺伝子をコードしている領域の分からない配列を入力することで、開始コドン
　を予測してくれます。
↓このNetStartというプログラムはデンマーク工科大学(Technical Unversity
　of Denmark：DTU)の生物学配列解析センター(Center for Biological
　Sequence Analysis：CBS)という機関が作成しています。
OK

2.NetStartへの行き方の説明。

↓"DTU CBS"と検索します
↓1番上に出てくる"Welcome to CBS"をクリックします。
↓"CBS PREDICTION SERVERS"をクリックします。
↓左列上から8番目にあるプログラムが"NetStart"です。
OK

3.NetStart以外にもたくさんプログラムがあることの説明。

↓なお、この"CBS PREDICTION SERVERS"にはNetStart以外にも
　様々な予測サイトが存在します。
↓よかったら利用してみて下さい。
OK

4.NetStartの説明(CDK8を具体例に)
↓それではNetStartを実際に利用してみましょう。
↓今回はヒトのCDK8のmRNA配列(Genbank ID:3928194)を利用します。
　(なおGenBankではmRNA配列を逆転写したDNA配列で登録されています。)
↓CDK8はMediator複合体のサブユニットであり、多くのpolII依存性遺伝子の
　転写制御に関与するcoactivatorです。
↓配列をFASTA形式で貼り付けます。
↓生物種をのうちVertebrateを選択します。
↓Submitを押します。
↓結果が表示されました。
OK

↓上の塩基配列の1塩基と、下の・および i 、N、1文字が対応しています。
↓・はトリプレットで読んだ場合に開始コドンAUGのAにならない塩基を、
　 i はトリプレットで読んだ場合に開始コドンAUGのAになる可能性があるアデ
　ニンを、
　Nはトリプレットで読んだ場合に開始コドンAUGのAならないアデニンを
　それぞれ表しています。
↓今回のCDK8の例では全1772bp中・1740が 個、iが7個、Nが25個得られました。
↓これだけでは、開始コドンを特定することはできないので、scoreの値を確認
　します。
↓このscoreはNeural Networkを利用した配列解析から得られる値で、
　値が大きいほど開始コドンである可能性が高いと判断されています。
↓今回は、27塩基目から始まるATGが、最も開始コドンである可能性が高いと
　判断されました。
OK

↓NCBIから実際の開始コドンを確認すると。
↓確かに一致していることがわかります。
OK

5.NetStartはあくまで予測プログラムであることの説明
↓今回のケースでは予測と実際の開始コドンが一致しましたが、
　NetStartはあくまで予測ツールなので、利用する際には注意してください。
OK

以上です。次回以降。動画の作成に移行します。