放牧4日目-4(+放牧5日目-1)〜動画の中から改訂の必要があるものをpick upする作業「RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる(2009.4.22)」

DBCLS 統合牧場 統合TV

110425 12:07〜12:37

　今回行ったことを以下に記します。

　1.引き続き作り直し系コンテンツの検索
　
　↓統合TV curated
　↓タンパク質配列解析
　↓「RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる(2009.4.22)」を選択
　OK

　2.同じ内容の番組の更新が無いかを確認する
　↓統合TV curated
　↓番組一覧からキーワード検索
　↓「RCSB PDB」、「立体構造」とそれぞれ打ち込む。
　↓今回チェックしようとしている番組が最も新しいかを調べる
　　
　　・「RCSB PDB」の検索(4番組がhit)
　　　「PDBj Mineを使ってタンパク質を検索する(2011.1.12)」が最も新しい。
　　　→ただし、使っているプログラムがPDBj Mineであり、
　　　　今回チェックしようとしているRCSB PDBとは異なるため、
　　　　作業を続行する。

　　・「立体構造」の検索(16番組がhit)
　　　→このうち、RCSB PDBを利用して立体構造を調べているものは無かった。
　
　↓「RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる(2009.4.22)」
　　が使えるかを調べる操作に移る。
　OK

　
　3.「RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる(2009.4.22)」
　　が使えるか調べる

　↓動画の再生および作業が行えるかのチェック。
　　以下、2009ver(動画が説明してるプログラム)と
　　2011ver(現在のプログラム)の間に存在した差異を記す
　　(（）内の時間はその差異が生じた動画上の時間を示す)

　・PDBに登録されている立体構造の数が、増加している
　　2009.4.19 : 57133件
　　2011.4.26 : 72717件
　　(42sec)

　・トップページの様式が変化している
　　(42sec)　　

・・・・・・・・本日はここまで、次回(110426)以降この続きの操作を行う。


続き
110427 15:42〜15:


　・PDBファイルのダウンロードをするアイコンが変化している
　　(3min)

　・詳細ページに飛んだ時に、PDFをダウンロードするアイコンなどが無くなっている
　　(4min18sec)


　・タンパク質構造が発表された論文のアブストラクトを見るための
　　[Abstract]コマンドが無くなり、
　　代わりに[Read More & Search Pubmed Abstracts]というコマンドが
　　出現している
　　(4min37sec)

　・Abstractから単語を選択し、他に一致するタンパク質を探すためのコマンドが、
　　[Submit Query]から[Search Pubmed Abstracts]になっている
　　(4min22sec)

　・タンパク質の詳細ページからGO(Gene Ontology)Termsが無くなっている
　　(6min29sec)

　・最後に出てくる「ご意見・ご要望」の表記の方法が異なる
　　(togo-sohshi@dbcls.rois.ac.jpに連絡するようになっている)
　　(6min49sec)


　4.この動画の改善する必要があると感じた点について
　　プログラムの使用法自体に変化が生じているようなので、最初から直す必要があるのではなかと思う。

　5.次の作業
　　引き続き、直す動画のpick up作業を行う