放牧5日目-4 / 放牧6日目-1〜動画の中から改訂の必要があるものをpick upする作業「InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索する(2009.6.4)」

DBCLS 統合牧場 統合TV

110427 17:45〜18:10
110516 9:30〜11:06




　今回行ったことを以下に記します。

　1.引き続き作り直し系コンテンツの検索
　
　↓統合TV curated
　↓タンパク質配列解析
　↓「InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索する(2009.6.4)」を選択
　OK

　2.同じ内容の番組の更新が無いかを確認する
　↓統合TV curated
　↓番組一覧からキーワード検索
　↓「InterProScan」と打ち込む。
　↓今回チェックしようとしている番組が最も新しいかを調べる
　　
　・もっとも新しい関連動画としては
　　「Pfamを使ってタンパク質のドメインを調べる(2010.5.7)」
　　があったが、これはInterProScanを利用してり配列のドメイン検索を、
　　行う方法の紹介である。
　　内容が関連しそうなため、
　　「InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索する(2009.6.4)」
　　「Pfamを使ってタンパク質のドメインを調べる(2010.5.7)」
　　の両方を見て、内容が被るか比較する。

　3.「InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索する(2009.6.4)」と
　　「Pfamを使ってタンパク質のドメインを調べる(2010.5.7)」の比較。



・・・・・・・・本日はここまで、次回(110428)以降この続きの操作を行う。





　続き(110516 9:30〜)
　↓「InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索する(2009.6.4)」
　　および
　　「Pfamを使ってタンパク質のドメインを調べる(2010.5.7)」
　　の動画を閲覧し、内容を比較した
　
　↓「InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索する(2009.6.4)」
　　　はEMBL-EBIが提供しているあるアミノ酸が属するファミリー、
　　有するモチーフ/ドメインなどを調べる方法を紹介しているのに対し、
　　「Pfamを使ってタンパク質のドメインを調べる(2010.5.7)」は、
　　上記InterProScan内の1コンテンツであるPfamについての使い方を
　　紹介していた。
　↓従って、InterProScanが更新されていればPfamも更新されている
　　可能性が高いと判断した
　↓「InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索する(2009.6.4)」
　　が使えるかを調べる操作に移る
　OK

　
　4.「InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索する(2009.6.4)」
　　が使用できるかのチェック

　↓動画の再生および作業が行えるかのチェック。
　　以下、2009ver(動画が説明してるプログラム)と
　　2011ver(現在のプログラム)の間に存在した差異を記す
　　(（）内の時間はその差異が生じた動画上の時間を示す)

　・配列の検索結果が表示された画面におけるコマンドに、
　　Raw Outputが無くなっている。
　　代わりにTool Outputコマンドをクリックすると、
　　テキストの結果表示を行うことができるようになっている
　　(3min18sec)


　・「検索を行ったデータベースにおけるsignature IDとのエントリーへのリンク」
　　および
　　「InterPro singnature IDとそのエントリーへのリンク」
　　の表記方法が変更されている
　　(3min56sec)

　・「UniProtKB Matches」に表記されているproteinの数が13019個から
　　17268個に増加している。
　　(4min36sec)

　・Overlapping InterPro entriesに表示されているproteinの数が変化している
　　(5min29ec)

　5.この動画の改善する必要があると感じた点について
　
　InterPrioScanの表記に若干の差はあるものの、
　使用できるコンテンツおよび、その方法に差は殆ど無い。
　そのため、動画を作成しなおす必要は現時点ではないと考える。

　6.次の作業
　　引き続き、直す動画のpick up作業を行う。
　　今回の内容と関連するため、
　　「Pfamを使ってタンパク質のドメインを調べる(2010.5.7)」
　　を調べる。