放牧32日目-「Human Protein Reference Database」-TV上での紹介文章-

120130 13:00~16:30

前回まで、human protein reference database(HPRD)
の動作報告を行って来ました。

今日は、この動画で流す文章を作成します。

1. Human protein reference database(HPRD)についての説明
　
　HPRDはヒト(Homo sapiens)のタンパク質について、
　ドメイン構造や翻訳後修飾、相互作用ネットワークなどの情報を統合した
　データーベースです。

　ここで挙げられている情報はヒトのタンパク質を解析している各研究者によって
　手動で更新されています。

2.HPRDへの移動する方法の説明

　それでは実際にページに移動してみましょう。
　
　↓「www.hprd.org」と打ち込みます。
　↓Human Protein Reference Databaseのトップページに移動しました。

　HPRDはヒト(Homo sapiens)のタンパク質について、
　ドメイン構造や翻訳後修飾、相互作用ネットワークなどの情報を統合した
　データーベースです。

　現段階でデータベース上に登録されている情報はこちらになります。
　(値の部分を指し示す)

3.トップページの説明

　トップページには、
　・詳細な条件を打ち込むことでタンパク質を検索するQuery
　・Molecule class、Domainsなど5項目の分類からタンパク質を検索する
　　Browse
　・タンパク質の塩基orアミノ酸配列をFASTA形式で入力することで、
　　そのタンパク質の情報を探しだすBlast
　・利用者からのHPRDについての質問とその答えをまとめたFAQs
　・HPRDに登録されているデータをダウンロードして利用するための
　　Download(登録が必要です)
　・HPRDの情報も内包されているヒトのタンパク質に関する情報を集めた
　　Human Proteinpediaへのリンク
　・インターロイキンなどの生体内pathwayについて、その経路に関与
　　している因子の情報を集めたNetpathへのリンク
　・kinaseやphosphataseの基質やモチーフについての情報を集めた
　　PhosphoMotif Finderへのリンク
　・HPRDに情報を加える権限を得るために、作者らにメールを送る
　　Become a 'Molecule Authority'
　の9つが存在します。
　
4.Quaryを利用したタンパク質についての情報の検索方法についての説明

　今回はヒトのモータータンパク質のkinesinファミリーに属する
　タンパク質を調べる方法を通して
　quaryの利用方法を紹介していきます。

　Queryをクリックします。

　Query上にはタンパク質の名称以外にも翻訳後修飾(PTMs)や分子量
　など14の項目があり、これらを利用して検索することもできます。

　今回はProtein nameのところにkinesinと入力します。

　結果が表示されました。

　ここの項目を変えることで化学修飾の数や
　タンパク質を構成するアミノ酸配列の長さ、
　相互作用する因子数などの要素で分類することもできます。

　Nameの横のタンパク質名をクリックすると詳細な情報を見ることが
　できます。

　SUMMARYには細胞内での局在やドメイン(モチーフ)、タンパク質が
　発現している場所などの情報が書かれています。

　SEQUENCEでは、タンパク質のアミノ酸/塩基配列を確認することができます。
　アミノ酸配列のうち赤で示されているのは、翻訳後修飾が起こるアミノ酸です。

　その他にも、相互作用することがわかっている因子の情報をしめす
　Interactionや、翻訳後修飾やそれに関与する因子の情報を含む
　PTMs&Substratesなどが存在します。

以上、次回以降、動画撮影に入ります。