放牧46日目-1「Gendooの進捗-改定作業へ〜-」

120829~120830

ご無沙汰しておりました。
現在の進捗を綴らせていただきます。

今、取り組んでいるTV作成項目は
Gendoo(Gene, Disease Features Ontology-based Overview System)
です。

昨日の時点で、動画の作成が一段落し、Gendooの設計者のchalklesssさんに
動画の内容を見ていただいたところ、
利用している例を変えてみたほうが良いと助言をいただきました。

Gendooでは
・遺伝子名
・疾患名
・その他キーワード(MeSHに登録されている語)
を利用してその関連する遺伝子、疾患、生物、薬剤などなどを調べることができるのですが、
chalklessさんの意図としては、(特に疾患名については)
「ニュースなどで気になった疾患を調べて、使える薬とか、関係する遺伝子をみつける」
と言ったことを想定されていたようです。
(私自身は、今自分が扱ってる遺伝子から発現されるタンパク質のアゴニスト/アンタゴニスト検索
　に利用させていただいていたのですが、こんなに限定した使い方ではなくても良かったようで)

それで、例として出して頂いたのが
糖尿病I型
糖尿病II型
の2つ(Gendooの使い方のExpamle部分にも載っています)

糖尿病I型はインスリン分泌異常で先天的であるのに対して、
糖尿病II型はインスリンの受容体の異情で、肥満などにより後天的に発症する事が多い病気です。
そしてこの2つを一緒に調べると、その違いが鮮明にでます。
http://gendoo.dbcls.jp/cgi-bin/gendoo.cgi?taxonomy=human&omimid=222100&omimid=125853

I型の方ではHLA抗原など免疫系のキーワードが引っかかってくるのに対して
II型の方では遊離脂肪酸やグルコースなど、栄養に関与するキーワードが多く引っかかってきます。

この例を動画で紹介せずとしてどうする〜、という事でこの部分を新たに作って再度動画を作り直します。

また、以下のことについて大きく2点学ばせて頂いたのでそれも・・・・・
1. 1.223e-10の「e-10」の部分は「10の-10乗」を表すとのこと
　→なんでも、高校の数学でもやったらしいのですが、全く記憶にございません。

2.そして1で上げた~e-10みたいな値が出てくる事が多いのがP-value(P=probability)
　→これはある事柄と、全く関係の無い事柄を組み合わせた時にある値が出る確率を表すそうで。
　　1であればこの2つは必ず起こり、0に近い程偶然には起こりにくい(=有意なデータである)
　　とみなすことができるとのこと。

以上、統計ができないと将来困る予感がかな〜りする事案でした。。