放牧4日目-1〜動画の中から改訂の必要があるものをpick upする作業「Jpredを使ってタンパク質の二次構造予測をする2009(2009.4.15)」

110425 9:00〜10:59

今回行ったことを、以下に記します。

　1.引き続き作り直し系コンテンツの検索
　　
　　前回のブログ「放牧3日目〜」で行った作業の続きを行います。
　　なお、作業前にiNutさんより
　　「コンテンツのupdateが行われていないかをチェックするように」
　　との指示があったため、その操作を追加しました。
　
　↓統合TV curated
　↓タンパク質配列解析
　↓「Jpredを使ってタンパク質の二次構造予測をする2009(2009.4.15)」
　　を選択
　OK

　
　2.同じ内容の番組の更新が無いかを確認する
　
　↓統合TV curated
　↓番組一覧からキーワード検索
　↓「Jpred」と打ち込む
　↓今回チェックしようとしている番組が最も新しいかを調べる
　↓2番組がhitし、今回チェックしようとしている番組が、
　　最も新しかった。
　OK

　3.「Jpredを使ってタンパク質の二次構造予測をする2009(2009.4.15)」
　　が使えるか調べる
　
　↓動画の再生および作業が行えるかのチェック。
　　以下、2009ver(動画が説明してるプログラム)と
　　2011ver(現在のプログラム)の間に存在した差異を記す
　　(（）内の時間はその差異が生じた動画上の時間を示す)

　　・ロドプシン(Bos taurus)を検索し、Hitするタンパク質の並び順が
　　　異なる(1min23sec)
　
　　・リンク先のPDBsumにおけるabstructに
　　　三次構造が追加されている(1min45sec)

　　・Jpredによる二次構造予測に15minかかった。
　　　10min経過時点では40%の操作が完了しているとの表示が出た
　　　(2min12sec)

　　・Jalviewを開いたときに表示される類似配列の結果が異なる
　　　(3min4sec)　

　　・最後に出てくる「ご意見・ご要望」の表記の方法が異なる
　　　(togo-sohshi@dbcls.rois.ac.jpに連絡するようになっている)
　　　(3min35sec)

　
　4.この動画の改善する必要があると感じた点について
　　以下、改善する必要があると感じた点について、
　ふつつかながら述べさせていただきます。
　
　・Jalviewを開き二次構造予測にかかる時間について、
　　10〜20minかかると表記する。
　　→実際に15minかかったため。
　　
　・最初の2枚、及び最後の2枚のスライドの表記が現在のバージョンと
　　異なる。

　5.次の作業
　　引き続き、直す動画のpick up作業を行う。