放牧4日目-2〜動画の中から改訂の必要があるものをpick upする作業「COILSとPaircoil2を使ってコイルドコイル構造を予測する(2009.5.19)」

DBCLS 統合牧場 統合TV

110425 11:00〜11:44

　今回行ったことを、以下に記します。

　1.引き続き作り直し系コンテンツの検索
　
　↓統合TV curated
　↓タンパク質配列解析
　↓「COILSとPaircoil2を使ってコイルドコイル構造を予測する(2009.5.19)」
　　を選択
　OK

　
　2.同じ内容の番組の更新が無いかを確認する
　↓統合TV curated
　↓番組一覧からキーワード検索
　↓「COILS」、「Paircoil2」「コイルドコイル」とそれぞれ打ち込む。
　↓今回チェックしようとしている番組が最も新しいかを調べる
　↓全ての検索で今回チェックしようとしている番組のみがHit。
　OK

　3.「COILSとPaircoil2を使ってコイルドコイル構造を予測する(2009.5.19)」
　　が使えるか調べる
　
　↓動画の再生および作業が行えるかのチェック。
　　以下、2009ver(動画が説明してるプログラム)と
　　2011ver(現在のプログラム)の間に存在した差異を記す
　　(（）内の時間はその差異が生じた動画上の時間を示す)

・GNC4の配列を打ち込み、「Pun Coils」をクリックしても結果が得られない
　　(COILSDIR='/mnt/common/share/ncoils-1.0/share' ncoils -win 14 -nw < ../wwwtmp/.COILS.9736.7837.seq > ../wwwtmp/.COILS.9736.7837.out.14
COILS execution error - not output generated と表示される)
　　(2min14sec)



　4.この動画の改善する必要があると感じた点について
　　以下、改善する必要があると感じた点について
　
　・アルゴリズムの選択について
　　MTIDKとMTKアルゴリズムがあり、MTIDKの方が
　　精度が良いと記載がある(1min32sec)が、その理由を書く必要があるのでは。

　　
　・(私の問題である可能性が高いですが)
　　目的の配列(GCN4)のコイルドコイル形成確率を得ることができなかった。
　　→次回以降、異なる配列(miosinなど)で試してみる。

　5.次の作業
　　引き続き、直す動画のpick up作業を行う。