放牧31日目-「Human Protein Reference Database」操作報告

120110 9:00〜11:30
120116 9:00〜12:00

あけましておめでとうございます。
新年一回目の更新です。
ことしもよろしくお願いいたします。

今日はHPRDを実際に動かしてどのような結果が
得られるかを確認する操作を行いました。

まず、TOP pageに移動すると左側に
Query
Browse
Blast
FAQs
Download
Human proteinpedia
Pathways
PhosphoMotif Finder
Become a Molecule Authority
の各項が並んでいます。

また、中央部にはNewsとしてHPRDに関する、
記事のリンクが貼られています。以下、これら個々の項目について説明していきます。

1.Query
　　
　　Protein name
　　Accession Number
　　HPRD Identifier
　　Chromosome locus
　　Molecular class
　　PTMs　
　など、14項目で検索ができます。なお、リストが表示されている部分も存
　在します。

2.Browse

　　Molecule class
　　Domains
　　Motifs
　　PTMs
　　Localizations
　の5種類の分類項が存在し、それぞれの項で、多数の分類が行われています。
　例えば、Molecule classでは
　　Acid phosphatase
　　DNA exhonculease
　　Ion channel, other
　など163分類に分けられています。