放牧31日目-「Human Protein Reference Database」操作報告-続き-

3.Blast
　FASTA形式でnucleotideまたはprotein sequenceを入れることで、
　本データベース内に入れたsequenceの因子があるか検索してくれます。
　Blastという名の通り、本家Blastと同じように結果は配列の一致度が
　高いものから順に並べてくれます。
　なお、リンクをクリックすると引用した配列の元のページに飛んでくれ
　ますが、中にはリンク切れのものも存在するので注意が必要です。
　(サイトの作成者に尋ねてみることも考えています。)

4.FAQs
　このデータベースを作成した理由、使用方法、引用、注釈などについての
　回答が書かれています。
　他のデータベースとの違いや商業的利用を行う予定はあるかなど、
　ひと通りの解説を行なっていますが、その中で重要となるものを
　いくつかpick upしました。

　・このデータベースでは1つのproteinが1つのcategoryに入れられている。
　　(どのcategoryに入れられるかはそのタンパク質が「一般に」
　　考えられている分類による。タンパク質が「分類される可能性がある」分類に
　　入れられるわけではない。)

　・in vivo / in vitroの扱いについて、mammalian cellで行われたin vivo
　　実験のみをin vivoと表記している。
　　例えばyeastを利用したTwo-Hybrid assayにおける
　　positive interactionという
　　結果が出た場合、yeast内でin vivoであってもmammalianでは不明なため
　　in vitroという表記になっている。

　・PDBのリンクがすべてのproteinに対して貼られている。

　・Post-Translation Modification(PTMs)の情報については
　　1種類のisoformの治験しかない場合にも、配列が同じであればすべての
isoformで起こると考えられるため、isoform全てにPTMsという
　　結果を入れている。ただし、その際の引用論文では前述のような理由から
　　isoformによっては治験がないものも存在する。

　・遺伝子発現についてのデータは全てヒト細胞のものが利用されているが、
　　細胞内局在やPTMs、他のタンパク質との相互作用のデータに関しては、
　　ヒト以外の哺乳類のデータも利用されている。
　　(実際、幾つかのタンパク質ではヒト⇔マウスの相互関連性が確認されて
　　いるとの記述がある)
　
　・isoformの情報に関してはGenBankではなく、Ref-seqの情報を
　　利用している。

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