放牧38日目-1「Pubchemを紹介する文章」 - DBCLSお荷物研究員Go_with

120224 16:00~17:30
120227 09:00~18:00

前回まで、PubChemの動作確認を行ってきました。これを踏まえ、以下のように動画の紹介文章を作成します。

↓PubChemは化学物質の構造、、生化学的性質、生物学的実験における利用歴
　についてのデータベースです。
↓調べたい化学物質の条件を入力することで、目的の化学物質を探しだすこ
　とが可能です。
↓"PubChem"と検索します。
↓"The PubChem Project(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)"を選択しま
　す。
↓PubChemのトップページに移動しました。
↓PubChemは
　・実験系のキーワード(例;Cancer cell line)を入力することで、そのキ
　　ーワードに合致する実験系や、その実験系で利用されている化学物質
　　を表示する"PubChem Bioassay"
　・キーワードを入力することで目的の化学物質の情報を検索することが
　　できる"PubChem Compound"および"PubChem Substance"
　の3つのデータベースを統合したデータベースです。
↓また、これらデータベースでは各々詳細検索(Advanced Search)が存在
　し、BioAssayでは分野やアッセイの方法、CompoundとSubstanceでは化学
　物質の特性(分子内水素結合数など)や利用されている元素などで絞り込
　むことができます。

↓なお、"PubChem Compound"と"PubChem Substance"の違いは、同じ化学物
　質が重複して登録されるか否かにあります。
　(その他の部分についてはほぼ同一です。)
↓新しい化合物はまず全て"PubChem Substance"に登録されて固有の
　ID(SID;Substance ID)が振られます。その後、そのうち重複している物
　質には同じID(CID;Compound ID)が振られ"PubChem Compound"に登録され
　ます。
↓そのため、一般的な物質の性質を検索するには"PubChem Compound"の方
　が"PubChem Substance"よりも簡便です。
↓"PubChem Substance"については"PubChem Compound"と仕様がほぼ同一の
　ため、今回は"PubChem Bioassay"と"PubChem Compound"について使用方
　法を紹介します。

↓なお今回は紹介しませんが、その他にも以下の3つが存在します。
　・化学物質の名称(例;ベンゼン)や構造(例;C6H6)から検索することがで
　　る"Chemical Structure Search"
　・化学物資の名称やIDを入力することで、目的の化学物質が効果を示し
　　ている実験を検索することができる"BioActivity Analysis"
　・病気の原因となるタンパク質や核酸に働きかけるタンパク質について
　　のデータベースであるTTD(Therapeutic Target Database)に登録され
　　ている化学物質を検索することができる"Structure"
　
↓まずは"PubChem Compound"について説明します。
↓"Compound"クリックします。
↓なお、紹介の際には化学物質の具体例としてウコンの根から生成された
　物質で、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ(p300/CBP)の阻害剤とし
　て働くCurcuminを利用します。
↓"Curcumin"と検索します。
↓結果が表示されました。

↓左上にはDisplay Settingが存在し、結果の表示形式や、1ページあたり
　に表示される結果の数を変更することができます。
↓また、右側のSend toを選択すると、File形式を選択して外部に送ったり
　(送るアドレスはManage Filtersから設定することができます。)、
　Clipboardとしてお気に入りに登録することができます。
↓更に、右側には
　・得られた結果を条件に従ってまとめてくれるActions on your results
　・リピンスキーの法則に合致するか、アッセイが行われているものがい
　　くつ存在するかなどで結果を絞り込んでくれるRefine your results
　・NCBIが作成している他のデータベースで今回調べた化学物質が登場す
　　るかを検索できるFind related data
　が存在します。

↓物質の名称をクリックすると詳細ページに飛ぶことができます。
↓詳細ページに移動しました。

↓ここをクリックすると化学物質の構造をASN、XML、SDF形式でダウンロー
　ドすることができます。
↓ダウンロードした構造はGLmol(http://webglmol.sourceforge.jp/glmol
　/viewer.html)などのサイトで表示することができます。
↓なお、GLmolはWebGlを利用した分子構造ビューアーでSDF形式のファイル
　を表示することができます。
↓GLmolへはGLmol - Molecular Viewer on WebGL/Javascriptを選択し、
　通常版を選択します。

↓次に"PubChem Bioassay"の使用方法について説明します。
↓"Bioassay"をクリックします。
↓先程と同様に"Curcumin"と検索します。
↓結果が表示されました。
↓結果の最後にはアッセイ方法の分類が示されています。
↓アッセイの分類には以下の4つが存在します。
　・化学物質の濃度を1つに固定して実験を行なっているPrimary Screening
　・化学物質の濃度を複数種類に変化させ、EC50(50%阻害濃度)などを求め
　ているConfirmatory
　・いくつかのアッセイ結果をまとめる形のアッセイを行なっている
　　Summary
　・上記3つのカテゴリーに含まれないOther
↓またComponentの時と同様にActions on your resultsなどで検索結果を
　絞り込むことができます。

↓更に、名前をクリックすることで詳細ページに移動します。
↓詳細ページに移動しました。
↓詳細ページには、
　・このアッセイを行った機関やその目的。
　・実際に利用した条件を記載したプロトコール
　などか記載されています。