放牧39日目-1「Pubchem BioAssayとPubChem Compoundの違いについて」

120301 13:00~16:00

〈背景〉
どうも、Go_with_twillです。今月もよろしくお願いします。
昨日、PubChemについての説明動画を司令とChalkless氏に確認していただいた
ところ、以下のような指摘を受けました。

Q;このサイトの「萌え」ポイントはどこか？
　このデータベースを利用することの利点、他のデータベースよりも優れている点が不明確であると、視聴者にこのデータベースを利用するという意欲はわかない。
　そのため、上記の点を明確にする必要がある。
　特に、今回紹介するPubChemは
　・BioAsssay
　・Compound
　・Substance
　の3つの検索方法があるため、それらの違いを明確にする必要がある。(このうちCompoundとsubstanceについては、得られる化学物質についての結果の重複があるかないかという点以外はほぼ同一のため、今回はBioAssayとCompoundの違いを明らかにする必要がある。)

そこで、このBioAssayとCompoundの違いを調べるために、今回は以下のように検索をした場合、3つの例でどのような差が得られるかを調べました。
なお、ここで利用する例は以下のようになっています。
　(1)Gefitinib(上皮成長因子受容体 (EGFR) のチロシンキナーゼを選択的に阻害す
　　る内服抗がん剤。)
　　→この物質について調べた時に、構造や実験例が得られるのか。
　(2)Cancer cell lines
　　→この内容に合致する実験例や化学物質が特定されるのか。
　(3)Curcumin
　　→今回、動画作成時に利用した物質のため再度。

というご指摘をいただきました。以下、結果です。

〈結果〉
①CompoundとBioAssayで同じ所
　(1)検索時について
　　・検索を行うには、化学物質名称、もしくはキーワードで検索できるということ。
　　・Advanced Searchで条件を絞って検索することができるということ。
　(2)検索結果が表示された時
　　・名称をクリックすると詳細ページに飛べるということ。
　　・右側に条件を絞り込むことができるリンクがあるということ
　　　(共通の3つである)
　　・Display settingの項目
　(3)詳細ページに移動した後

②CompoundとBioAssayで異なるところ
　(1)検索時について
　　・CompoundとBIoAssayのどちらを選択するか。
　(2)検索結果が表示された時
　　・表示される項目の順番。
　(3)詳細ページに移動した後
　　・説明している内容が化学物質に絞られているのがCompound、アッセイに絞られているのがBioAssay。

〈動画作成の指針〉
　今回紹介するのは3点である。
・Compoundを利用して化学物質の情報を調べる。
　
　化学物質の性質を調べるのに適していることを伝える。
　調べるときに使える項目を伝える。　

・BioAssayを利用してアッセイの方法を調べる。
　生物学的なアッセイを調べる方法伝える。
　項目ごとの分類。

・CompoundとBioAssayを使い分ける、リンクさせて検索する。
　Compound⇔BioAssayの使い分けができること。
　CIDで表示されるのかSIDで表示されるのかを明確にする。