放牧40日目-1「Pubchemの紹介文章について(改)」

120306 9:00~12:00

司令の指摘に従ってPubChem CompoundとPubChem BIoAssayの違いを明確にした形の
動画を紹介する文章を以下のように作成しました。
これから動画の撮映です。

↓PubChemは、キーワードや物質名を入力することで、目的の化学物質や生物学的な解析法を調べることができるデータベースです。。
↓条件を入力することで、それに合致する化学物質や解析法を見つけることができます。
↓"PubChem"(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)と検索します。
↓"The PubChem Project"を選択します。
↓PubChemのトップページに移動しました。
↓PubChemは次の3つをまとめたデータベースです。
↓キーワードや物質名から目的の生物学的な解析法を探すことができる「PubChem BioAssay」
↓キーワードや物質名から目的の化学物質を探すことができる「PubChem Compound」と「PubChem Substance」
↓なお「PubChem Compound」と「PubChem Sunstance」は同じ化学物質が個々の項目として重複して登録されているかに違いがあります。
↓新しい化学物質はまず「PubChem Substance」に全て登録され、固有のID(SID;Substance ID)が割り当てられます。
↓その後「PubChem Substance」に登録された化学物質の中で、内容が重複しているものには全て同じID(CID;Compound ID)が割り当てられ「PubChem Compound」に登録されます。
↓そのため、一般的な化学物質の情報を検索する場合には「PubChem Compound」を利用する方が「PubChem Substance」を利用するよりも簡便です。
↓「PubChem Substance」については「PubChem Compound」と同じ仕様のため、今回は「PubChem Compound」と「PubChem BioAssay」について解説します。

↓また、これらのデータベースでは条件を絞って検索すること(Advanced search)が可能です。
↓ここをクリックします。
↓「PubChem BioAssay」のAdvamced Searchでは
↓アッセイの方法や研究分野などで、条件を絞り込むことができます。
↓「PubChem Compound」および「PubChem Substance」のAdvamced Searchでは
↓物質の特性(例;分子内水素結合数)や物質を構成している元素などで、条件を絞り込むことができます。

↓まず「PubChem Compound」について解説します。
↓ここでは、主にキーワードや物質名から化学物質を探すことができます。
↓今回はEGFR受容体のチロシンキナーゼ阻害剤で、抗癌剤として働くGefitinib(製品名;Iressa)を利用して検索します。
↓Compoundを選択し「Gefitinib」と検索します。
↓結果が表示されました。
↓「Display Setting」では、結果の表示形式や1ページあたりの表示数を変更することができます。
↓「Send to」を選択するとこれらの検索結果をテキスト形式やサイト上で保存することができます。
↓更に、右側には次のような項目が存在します。
↓得られた結果を条件に従ってまとめてくれるActions on your results
↓生化学的な効果や、アッセイが行われている数などで結果を絞るRefine your results
↓NCBIが作成している他のデータベースにおいて、今回調べた物質についての情報が存在するかを調べてくれるFind related data
↓化学物質の名称をクリックすると詳細ページに移動します。
↓詳細ページに移動しました。
↓上部には構造式や分子量などの化学物質の情報が記載されています。
↓ここをクリックするとこのページにどのような情報が記載されているかを確認することができます。
↓青い文字を選択するとその部分に移動することができます。
↓本ページには今回調べた化学物質について以下のような情報が存在します。
↓PubChem内における化学物質の他の呼び方
↓構造や類似物質
↓薬理学的な性質
↓PubMedにおける文献数
↓生物学的解析に利用された際の条件や結果
↓なおこのAID(Assay IDの略)をクリックすると、この化学物質を利用した生物学的解析を開設する「PubChem BioAssay」のページに移動することができます。
↓ここをクリックすると、化学物質の構造をASN、XML、SDF形式でダウンロードすることができます。
↓ダウンロードしたファイルはGLmolなどを利用して確認することができます。
↓GLmol(http://webglmol.sourceforge.jp/glmol/viewer.html)ではSDF形式のファイルを表示することができます。
↓先程ダウンロードしたSDF形式のファイルをここにドラッグ&ドロップし、「Load from file」を選択します。
↓Genitinibの3D構造を、三次元的に表現した結果が表示されました。
↓ここのチェックを変更することで、構造を回転したり、平面上を移動したりすることができます。
↓・「Rotate」を選択すると分子の回転を
　・「Translate」を選択すると分子の位置を
　・「Zoom」を選択すると分子の奥行きを
　・「Slab」を選択すると分子の透明度を
　マウスの移動により変更することができます。

↓次に、「PubChem BioAssay」について解説します。
↓ここでは、主にキーワードや物質名から生物学的な解析法を探すことができます。
↓BioAssayを選択し「Gefitinib」と検索してみます。
↓結果が表示されました。
↓「PubChem BioAssay」でも「PubChem Compound」の時と同様に、右側に以下のような項目が存在します。
↓生化学的な効果や、アッセイが行われている数などで結果を絞るRefine your results
↓得られた結果を条件に従ってまとめてくれるActions on your results
↓NCBIが作成している他のデータベースにおいて、今回調べた物質についての情報が存在するかを調べてくれるFind related data
↓また、化学物質の名称で検索を行った場合にはその化学物質について解説する「PubChem Compound」のページに移動することができます。
↓解析法bの名称をクリックすると詳細ページに移動します。
↓詳細ページにいどうしました。
↓本ページには今回調べた解析法について以下のような情報が存在します。
↓化学物質のターゲットとなるタンパク質(構造が解かれている場合には構造も表示されます)
↓この解析法に利用された化学物質(CIDをクリックすると、この化学物質について解説する「PubChem Compound」のページに移動することができます。)
↓解析法についての概要
↓実験に利用したプロトコール
↓実験の結果

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